В начале XVI века появились Приказы, как органы государственного управления. Приказы, выросли из тех временных поручений, которые Великий князь давал своим боярам или вольным слугам, "приказывая" им ведать какой-либо отраслью дворцового хозяйства или управления.
По мере превращения Московского княжества в великорусское государство в нем усложнялись и административные задачи, развивалось делопроизводство, создавались постоянные штаты учреждений.
Так, ведомство боярина дворецкого превратилось в приказ Большого дворца, ведомство боярина конюшеного - в Конюшенный приказ. С развитием внешних связей - возникла Посольская изба, а затем Посольский приказ.
Приказы создавались без какого-либо плана, по мере надобности в них. К концу XVII века в России насчитывалось 80-90 приказов, в том числе до 40 постоянно функционировавших (приказы можно разделить на общегосударственные и территориальные, постоянные и временные). Система управления была довольно запутанной. Так, по военному управлению насчитывалось до 15 приказов (разрядный, стрелецкий, пушкарский, иноземный, поместный и др.), до 13 - по дворцовому ведомству, не менее 10 - по государственному хозяйству.
Приказы первоначально возглавлялись, как правило, боярами и подчинялись царю непосредственно или через Боярскую Думу. Постоянно важнейшие приказы, дела которых чуть ли не ежедневно обсуждались в Думе, стали возглавлять «думские люди» - дьяки.
В эпоху Петра I самодержавная власть приобретает абсолютный характер:
отменяется созыв Земских соборов;
прекращаются пожалования в Думу и с 1704 года ее заседания не проводятся;
после смерти в 1700 году патриарха Адриана Петр I запретил созывать Поместный собор для выборов нового главы Русской Православной Церкви.
В структуре высших органов власти устанавливается жесткая исполнительная вертикаль, Церковь подчиняется государству. Реформа началась сверху.
В 1711 году был образован Правительственный сенат, вначале как орган, замещавший царя во время его пребывания на войне, а затем ставший главным органом государственного управления.
В 1718-1719 годы вместо приказов создается ряд коллегий, имевших общегосударственную компетенцию. Особую роль приобретают первые три коллегии - Военная, Адмиралтейская и Иностранных дел. Три коллегии - Камер-коллегия, Штатс-контор-коллегия и Ревизион-коллегия обеспечивали сбор доходов, их распределение и контроль над сбором и распределением. Три коллегии управляли промышленностью и торговлей.
В 1720 году был принят Генеральный регламент, представляющий собой устав деятельности государственных органов.
В 1721 году для управления Церковью был создан государственно-церковный орган - Синод и принят «Духовный регламент», определивший новое устройство церковного управления, функции Синода и обязанности священников. По Духовному регламенту император объявлялся «крайним судьей» Синода, «правоверия и всякого в Церкви святой благочиния блюстителем». Обер-прокурор Синода был представителем императора в управлении Русской Православной Церковью.
Важнейшим итогом и закреплением реформ в сфере государственного управления стала «Табель о рангах» (1722 г.), установившая новые отношения между правящей элитой, бюрократией и армией (были установлены чины военные, гражданские и придворные).
Установленная Петром I структура высших органов государственной власти действовала на протяжении всего XVIII столетия. Но были и некоторые исключения. В 1726 году указом Екатерины I был образован Верховный тайный совет. В его состав входили государственные деятели, как обеспечившие вступление императрицы на престол, так и их противники из числа высшей государственной бюрократии (граф Ф.М.Апраксин, два князя Голициных, три князя Долгоруковых, светлейший князь А.Д.Меньшиков, графы Головин и Толстой, барон Остерман и зять царицы - муж Анны Петровны герцог Карл Фридрих). Формально совещание являлось органом при царе. Однако в подчинении Верховного тайного совета находился Сенат, коллегии, Синод и другие учреждения (таким образом, он являлся высшим органом управления).
При Екатерине I в Верховном тайном совете главную роль играл А.Д.Меньшиков, при Петре II - князья Долгоруковы. В 1726 г. состоялось 125 заседаний Совета, в 1727 г. - 165.
Приглашая на престол Анну Иоанновну, "Верховники" пытались ограничить ее власть рядом условий (т.н.кондиции), но их действия не получили поддержки ряда государственных деятелей (В.Н.Татищев, П.И.Ягужинский, Ф.Прокопович) и широких слоев дворянства. 25 февраля 1730 г. Анна разорвала "кондиции", а 4 марта 1730 г. упразднила Верховный тайный совет.
Кабинет министров был создан как Совет при императрице Анне Иоанновне в сентябре 1731 г. (входили - Головин, Черкасский, Остерман, Ягужинский, Волынский, Бестужев-Рюмин, Минин и сын Головина - Михаил в 1740-41 гг.).
По указу 1735 г. подписи трех кабинет-министров равнялись подписи императрицы, т.е. Кабинет стал верховным государственным учреждением.
Большое влияние на деятельность Кабинета оказывал Э.И.Бирон. Он стал председателем Кабинета после смерти Анны Иоанновны, с ноября 1740 г. его сменил "первый министр" Миних. Во время переворота Елизаветы Петровны 25 декабря 1741 г. члены Кабинета были арестованы, а Кабинет упразднен.
В 1741 г. одновременно с упразднением Кабинета министров и восстановлением функций Сената была учреждена Конференция при высочайшем дворе. Первоначально работа этого органа сводилась к обсуждению в присутствии Елизаветы Петровны лишь «важных иностранных дел». Ее членами были канцлер А.Черкасский (единственный из состава прежнего Кабинета министров не попавший в опалу), вице-канцлер А.Бестужев-Рюмин, адмирал Н.Головин и князь Борис Куракин). Вместе с тем, конференция собиралась редко (в 1746 г. - 4, в 1747 г. - 1 раз). С началом Семилетней войны на Конференцию было возложено стратегическое руководство военными действиями, т.е. по существу Конференция выполняла роль Ставки верховного главнокомандования.
С 1757 г. Конференция фактически превратилась в высший правительственный орган, стоящий над Сенатом. В частности, она назначала командование русской армии (главную роль в это время играли канцлер Бестужев-Рюмин, вице-канцлер М.Воронцов, братья Шуваловы, генерал-прокурор Сената Никита Трубецкой всего 8 человек). При вступлении на престол Петра III Конференция была упразднена, ее функции были переданы в Сенат и Иностранную коллегию.
В 1768 г. Екатериной II был создан Совет при Высочайшем дворе как совещательный орган для обсуждения вопросов, связанных с русско-турецкой войной, а в мирное время ведавший внутренней политикой страны. В Совете рассматривались многие важные законопроекты екатерининского времени. При Павле I значение Совета резко упало и с декабря 1800 г. он уже не собирался.
XIX век начался с правления Александра I. Воспитанный в духе идей европейского Просвещения, молодой царь пытался провести ряд реформ, в том числе и в сфере управления государством.
В частности он одобрил проект М.М.Сперанского (1809 г.), предполагавший разделение законодательной, исполнительной и судебной власти, но при сохранении в целом самодержавной формы правления. По его поручению разрабатывалась Конституция России (Государственный устав граждан Российской империи). Многое из задуманного осуществить не удалось, но именно в годы правления Александра I произошли наиболее существенные изменения в структуре органов государственной власти.