К ведению Главного таможенного управления относилось управление местными таможенными учреждениями, давало им руководящие указания и контроль за выполнением местными таможенными учреждениями законодательства и правил по таможенному делу, разрабатывает вопросы таможенной политики; участвовало в разработке проектов международных соглашений в части, касающейся таможенного дела, подготавливало проекты таможенных тарифов и решение вопросов, связанных с применением таможенных тарифов: рассматривало жалобы на решения таможен и действия должностных лиц таможенных учреждений, а также проверка в порядке надзора местных таможенных учреждений
По кодексу 1964 года местными таможенными учреждениями являлись таможни и подчиненным им таможенные посты. Сведения, реорганизация и ликвидация таможен и таможенных постов производилась Министерством внешней торговли
Важной правовой основой для деятельности таможенных учреждений СССР явился принятый 24 ноября 1982 г. закон «О государственной границе СССР». Этот закон неоднократно подчеркивал роль таможенных учреждений и закрепил их участие и взаимодействие с пограничными войсками в охране границы.
Реформой таможенного дела в СССР явилось создание в 1986 году Главного управления государственного таможенного контроля. Оно учреждалось как самостоятельный орган государственного управления и приобрело статус союзного ведомства.
Положение о главном управлении государственного таможенного контроля, утвержденное постановлением Совета Министров от 13 июля 1987 года определяло функции и порядок деятельности этого органа. Это управление несло ответственность за состояние и совершенствование таможенного контроля, усиление борьбы с контрабандой и нарушениями таможенных правил, эффективное применение таможенного тарифа.
Основными структурными единицами ГУГТК являлись управление и отделы. Компетенция управлений носила комплексный характер и полномочия одного управления тесно переплетались с полномочиями других.
Что касается местных таможенных учреждений, то таможни и таможенные посты по их дислокации можно было разделить на пограничные и внутренние. По специфике характера деятельности местные таможенные учреждения можно было подразделить на сухопутные, воздушные. морские (речные).
Увеличение числа международных перевозок и рост объема международного пассажирского сообщения обусловил в 1987-1990 гг. значительный рост количества местных таможенных учреждений.
Приняты в 1991 г. Таможенный кодекс легализовал фактически сложившуюся трехзвенную систему таможенных органов.
В 1993 г. был принят новый таможенный кодекс, который действует и по сегодняшний день
Создание таможенных органов — исходное начало и условие осуществления таможенного дела, его организационного обеспечения. Таможенный кодекс Российской Федерации относит к ним Государственный таможенный комитет Российской Федерации, региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты.
Таможенные органы в структурном и функциональным отношении образуют единую, целостную систему. Эта система строится с учетом тех же принципов, на которых основывается таможенное дело в России: единства таможенной политики, единства таможенной территории, единства таможенного законодательства, единство тарифного регулирования, сочетания его с мерами экономической политики.
Общее руководство таможенным делом осуществляют Президент и Правительство Российской Федерации.
Таможенные органы и другие учреждения таможенной службы являются неотъемлемой составной частью системы государственных органов исполнительной власти. Принадлежность таможенных органов к этой системе подчеркнута отнесением их к правоохранительным органам, приданием им военизированного характера. Это нашло свое отражение в структурном построении и усложнении функций таможенных органов. А также данное положение нашло свое закрепление в статье 8 Таможенного кодекса, в которой говорится о том, что таможенные органы являются правоохранительными органами.
Однако система таможенных органов имеет свои особенности, свою целенаправленность, которые придают ей большую самостоятельность. Они проявляются, прежде всего, в структуре таможенных органов, определяющей специфику отношений координации и субординации между ними и внутреннюю организацию таможенной системы в целом. ГТК России как федеральный орган исполнительной власти осуществляет непосредственное руководство таможенными органами и таможенным делом. Среди его основных задач — организация и совершенствование таможенного дела в стране. Он наделен полномочиями по созданию, реорганизации и ликвидации региональных таможенных управлений и таможен, а также подведомственных предприятий, учреждений и организаций. Такие же полномочия в отношении таможенных постов отнесены к компетенции региональных таможенных управлений.
ГТК России уделяет, в пределах совей компетенции нормативные акты по таможенному делу, обязательные для исполнения всеми таможенными органами и иными государственными органами, предприятиями, учреждениями, организациями страны, независимо от форм собственности и подчиненности, а также должностными лицами и гражданами.
Статья 8 Таможенного кодекса говорит о том, что никакие государственные органы, кроме Президента, парламента и Правительства, не вправе принимать решения затрагивающие компетенцию таможенных органов, выполнять без соответствующего допуска или изменять их функции, возлагать на них дополнительные задачи или иным образом вмешиваться в деятельность этих органов, которая соответствует таможенному законодательству страны.
Отличительные особенности таможенной службы подчеркивают также ее атрибуты и символы. Так, таможенный кодекс закрепляет положение о том, что таможенные органы Российской Федерации и находящиеся в их распоряжении морские и речные суда имеют флаг. Автотранспортные средства и воздушные суда, находящиеся в распоряжении таможенных органов РФ, имеют опознавательный знак.
Положение о знаках отличия применяются также к руководителям и специалистам таможенных лабораторий, научно-исследовательских учреждений и учебных заведений ГТК России.
Таможенный кодекс 1993 года закрепил положение о том, что таможенное дело непосредственно осуществляют таможенные органы РФ, составляющие единую систему, в которую входят:
Государственный таможенный комитет РФ;
Региональные таможенные управления РФ;
Таможни РФ;
Таможенные посты РФ.
Региональные таможенные управления РФ входит в единую систему таможенных органов РФ и осуществляют руководство таможенным делом на территории региона деятельности (подведомственного региона) под непосредственным руководством Государственного таможенного комитета РФ. Создание, реорганизацию и ликвидацию Управления осуществляет ГТК России.
В непосредственном подчинении Управления находятся расположенные на территории подведомственного региона таможенные органы, за исключением таможенных органов, непосредственно подчиненных ГТК России. В оперативном подчинении Управления находятся входящие в систему ГТК России и расположенные на территории подведомственного региона таможенные лаборатории, учебные заведения и другие организации, за исключением организаций и учреждений, непосредственно подчиненных ГТК России.