В тоже время за годы исследования этой системы выявились и некоторые ограничения эффективного применения УПЦ. Так, система не приносит успеха на плохо организованном и плохо управляемом предприятии, где принято за правило «спускать» цели сверху, не привлекая к их постановкам и согласованию руководителей другого уровня. Её трудно использовать если отсутствует личная мотивация и необходимая для управления информация, а также при неудовлетворительной организации контроля.
Коме того, необходимо учитывать, что это трудоёмкий, сложный и длительный процесс, который даёт результат только там, где перед руководителями стоит проблема выбора действий для их выполнения. В противном случае администрирование подменяет инициативу, бюрократия ограничивает творчество, цели превращаются в принудительные задачи, а любые перемены рассматриваются как нежелательные. Из этого следует, что систему УПЦ дают эффективный результат только там, где есть для этого соответствующие условия.
Опыт также показывает, что при УПЦ внимание руководителей концентрируется на достижении текущих и краткосрочных результатов, нередко в ущерб долгосрочным целям. Этот недостаток пытаются обойти путём планирования результатов по всему сектору времени, включая долгосрочные, среднесрочные и краткосрочные цели. В этом случае оценка полученных результатов также должна производиться таким образом, чтобы учитывать их в повседневной работе, в планах отчётного периода, при стратегическом планировании.
Наряду с системой управления по целям (результатам) в последнее время начинает всё шире использоваться другой подход к установлению целей организации – так называемый менеджмент – аудит. Он представляет собой исследование всех аспектов работы организации и её подразделений с целью разработки рекомендаций по изменению практики менеджмента и выявлению сфер деятельности, в которых имеются возможности роста доходов и сокращения доходов. Менеджмент - аудит позволяет руководству организации устанавливать новые приоритеты в области целей и программ. Осуществление аудита проводится с помощью подробного перечня вопросов, ответы на которые дают необходимые материалы для глубокого анализа положения дел в организации.