«Корпорация ПАРУС» была основана в 1990 году офицерами запаса, которые занимались разработкой и эксплуатацией автоматизированных систем в информационно-вычислительном центре Главного штаба Военно-Морского Флота. Компания начала свою деятельность с создания программы для автоматизации расчёта заработной платы по заказу Центральной клинической больницы РАН. В 1992 году специалистами компании была создана единая комплексная система для хозрасчётных предприятий.
В 1994 году «ПАРУС» приступил к реализации крупных бюджетных проектов, внедрив единую систему управления финансами учреждений Департамента здравоохранения г. Москвы (автоматизировано более 150 подведомственных организаций). В 1995 году реализован проект по созданию единой системы управления финансами в Генеральной прокуратуре РФ (160 подведомственных структур). Параллельно с этим активно разрабатывается полномасштабная система для управления предприятием. Реализуется первый проект автоматизации управления в коммерческой организации с территориально распределённой структурой (автоматизирована сеть магазинов и удаленных складов торговой компании "Салита").
1996 год ознаменован в истории компании созданием комплексных систем управления на базе клиент-серверных технологий с использованием СУБД ORACLE, предназначенных для крупнейших российских заказчиков. Успешно завершен первый этап внедрения корпоративной системы в компании "Коминефтепродукт". Оборот корпорации «ПАРУС» к этому времени составляет $ 10,5 млн., число сотрудников достигает 600 человек.
Активно развивается партнёрская сеть: в 1997 году у "ПАРУСа" уже 26 региональных отделений в РФ и странах СНГ и 122 дилера. По итогам ежегодного опроса компания вошла в десятку лидеров российских фирм-разработчиков программного обеспечения, а также в десятку лидеров среди консалтинговых фирм.
В 1999 компания выигрывает 18 тендеров на создание систем управления для крупных предприятий. А в 2000 году эксперты отмечают самый большой прирост клиентской базы "Корпорации ПАРУС" на российском корпоративном рынке - появилось более 100 новых корпоративных клиентов, среди которых нефтяные компании (ОАО "ЛУКОЙЛ-Нефтепродукт", ОАО "ТНК"), предприятия военно-промышленного комплекса (ОАО "Туполев", ГНПП "Сплав").
В 2002 году оборот компании превысил $ 20 млн. Корпорация выходит на новый уровень ИТ-проектов в государственном секторе – начинает комплексную информатизацию Эвенкийского автономного округа (ЭАО) путем создания системы управления финансовыми и материальными потоками округа, включающую всех участников бюджетного процесса. В Московской области в рамках областной целевой программы «Территориальная информационная система Московской области 2001-2005 гг.» силами корпорации была построена единая автоматизированная система бухгалтерского учета в органах исполнительной власти (более 30 организаций). В Министерстве образования Московской области «ПАРУС» внедрил систему формирования сводной отчетности, объединившую 137 подведомственных учреждений.
В 2002-2004 гг. были успешно реализован ряд крупных проектов на рынке корпоративных заказчиков – в компаниях «Оренбургнефть», «Карельский окатыш», «Связьинформ», предприятиях «ТНК», Новосибирском оловянном комбинате, Лабинском маслоэкстракционном заводе, СУЭК, «Сибур – Русские шины», «Татойл-Сервис». Проектами 2005 года можно назвать создание автоматизированной системы бухгалтерского учета в ОАО «ОКБ Сухого» и системы сбыта в рамках территориально-распределенной компании в ОАО «Евроцемент».
В 2004-2006 гг. набирают ход бюджетная и муниципальная реформы, и корпорация активно участвует в их реализации. В этот период специалисты компании работают в отраслевых комитетах и рабочих группах, готовящих предложения по законопроектам в Государственную Думу РФ, участвуют в международных экономических форумах. Способствуя практическому осуществлению реформы бюджетного сектора, корпорация разработала комплексный план внедрения новой бюджетной Инструкции, включающий методологическую, техническую и информационную поддержку. В течение 2004-2005 гг. совместно со специалистами Минфина России компания провела в российских регионах разъяснительные семинары по организации бюджетного учета в соответствии с новой Инструкцией.
В 2006 году, после вступления в силу Федерального Закона «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» (N 131-ФЗ), была выпущена комплексная система автоматизации управления муниципальным образованием, учитывающая нововведения 131-ФЗ и призванная повысить финансовую обеспеченность местных бюджетов. В 2007 году внедрение этого решения осуществляется в различных муниципалитетах по всей стране – Республике Алтай, Пензенской, Белгородской, Кемеровской, Ленинградской, Тамбовской, Тульской, Липецкой, Новгородской областях, Чеченской республике и в других регионах.
Среди важных мероприятий, проведенных корпорацией в 2007 году - конференция руководителей финансовых органов субъектов РФ, посвященная важнейшим вопросам реформирования бюджетной сферы, а также конференция «Современные стандарты государственного и муниципального управления» с участием представителей Минфина РФ и ФНС РФ. Список клиентов в корпоративном секторе пополнился такими компаниями как концерн «Тракторные заводы», ФГУП "Сплав", ОАО "Ямалгеофизика" и др.
В 2008 году корпорация продолжила заниматься проектами по повышению доходности бюджетов муниципальных образований в различных субъектах РФ, а в октябре провела Вторую общероссийскую конференцию «Актуальные вопросы развития местного самоуправления в России. Финансово-экономические, законодательные и технологические аспекты» для специалистов департаментов по развитию МСУ, департаментов экономики, финансовых органов, служб информатизации субъектов РФ и муниципальных образований. На конференции представители Министерства финансов РФ, Министерства регионального развития РФ осветили работу федеральных органов власти в рамках развития МСУ в России и ход реформы, а представители органов власти субъектов РФ и ИТ-специалисты рассказали об опыте реализации проектов по повышению обеспеченности местных бюджетов.
Активно развивалось такое направление работы, как предоставление услуг в рамках административной реформы. Созданная с этой целью компания «Парус – Национальные Реформы» участвовала в проекте разработки многофункционального центра предоставления государственных и муниципальных услуг в г. Балаково Саратовской области, проводила семинары для сотрудников федеральных и региональных органов исполнительной власти по вопросам создания МФЦ, оценки эффективности деятельности ОИВ по предоставлению государственных услуг.
Система «Парус» по-прежнему востребована и коммерческими структурами, особым спросом она пользуется в машиностроительной отрасли. В 2008 году решение внедрить систему «Парус» было принято стратегически важными российскими предприятиями, применяющими наукоемкие технологии: ОАО «Московский вертолетный завод им. М. Л. Миля», ОАО «Авиационная корпорация «Рубин», ОАО «Ступинское машиностроительное производственное предприятие», ФГУП «Научно-производственный центр автоматики и приборостроения им. академика Н.А. Пилюгина», ФУП «Конструкторское бюро транспортного машиностроения» (КБТМ).